Infections à Clostridium difficile : situation épidémiologique, janvier 2009-juin 2009, France
Bilan au 30 juin 2009

Sources : InVS-Raisin, laboratoire Clostridium difficile associé au Centre national de référence (CNR) des bactéries Anaérobies et du Botulisme (Hôpital Saint-Antoine et Institut Pasteur, Paris), CClin et établissements de santé.

Ce bilan actualise les données épidémiologiques concernant les infections à C. difficile (ICD) en France précédemment publiées [1,2], à partir des données de l’Institut de veille sanitaire (InVS) et du laboratoire C. difficile associé au CNR Anaérobies recueillies du 1er janvier 2009 au 30 juin 2009.

La surveillance et le signalement des ICD ont fait l’objet de recommandations du Réseau d’alerte, d’investigation et de surveillance des infections nosocomiales (Raisin) en mai 2006 [3]. Ces recommandations ont été reprises et complétées par le Comité technique des infections nosocomiales et des infections liées aux soins (CTINILS) en septembre 2006 [4] et le Haut Conseil de la santé publique en juin 2008 [5]. Elles ont également été accompagnées d’une sensibilisation des établissements de santé (ES) la même année.

Depuis mars 2006, une souche particulière de C. difficile dite 027 (en référence à son profil par PCR-ribotypage) a été responsable de plusieurs cas groupés d’ICD. Dans un premier temps, elle a principalement été retrouvée dans le Nord-Pas-de-Calais lors d’une épidémie entre 2006 et 2007 (515 cas sur 41 ES), puis en Moselle, dans le Rhône et la Somme.

Depuis cette première alerte, une vigilance était maintenue entre 2007 et 2008, et trois autres régions de France métropolitaine (Haute-Normandie en 2007, Ile-de-France et Midi-Pyrénées en 2008) ont connu des épisodes de cas groupés ou isolés liés à cette souche 027 [5]. L’origine des signalements et des souches adressées au CNR montre de plus que cette vigilance ne s’est pas limitée aux régions qui avaient été les plus concernées par l’émergence de la souche 027.

Cette vigilance concerne tous les cas d’ICD et pas seulement ceux liés à la souche 027. Ainsi, les travaux du CNR à partir des souches qui lui ont été transmises ont permis de détecter en France un nouveau clone épidémique de toxinotype V, PCR-ribotype 078/126. Caractérisé par la présence des gènes codant pour la toxine binaire et par une délétion dans le gène tcdC de -39 pb, il a également été signalé dans plusieurs pays d’Europe [6]. Ce nouveau clone épidémique est responsable de formes sévères dans une population plus jeune et est plus souvent associée à des formes communautaires que les souches de PCR-ribotype 027 [7].

Les recommandations de prévention diffusées en 2006 avaient pour but de limiter la diffusion du clone 027 au sein des établissements et s’appliquent plus généralement à tous les cas d’ICD.

Données du signalement des infections nosocomiales

Données du laboratoire C. difficile associé au CNR Anaérobies

Tendances trimestrielles – Données du signalement et du CNR

Conclusion

Données du signalement des infections nosocomiales

Quatre-vingt onze signalements d’ICD effectués entre janvier et juin 2009 sont parvenus à l’InVS (au 30 juin 2009), soit une moyenne mensuelle de 15 signalements (Figure 1).

Figure 1 – Signalements d'infection à C. difficile par mois de signalement, France métropolitaine, janvier 2009 - juin 2009 (N=91)

Ces 91 signalements totalisaient 223 cas d’ICD. Il s’agissait de cas groupés pour 43 signalements (minimum : 2, maximum : 15, médiane : 3). Parmi les cas signalés, 25 (11,2 %) personnes étaient décédées sans que l’imputabilité du décès à l’infection ait pu être précisée à la date du signalement.

Ces signalements émanaient de 67 ES de santé de 37 départements répartis dans 18 des 22 régions de France métropolitaine. Le Nord-Pas-de-Calais restait au premier rang en nombre de signalements (N=19, 20,8 %) devant l’Ile-de-France et Rhône-Alpes (N=11, 12,1 %). S’agissant du nombre de cas signalés, le Nord-Pas-de-Calais a signalé 38 cas (17,0 %) et l’Ile de France 36 (16,1 %).

Par comparaison avec les années précédentes (2006 à 2008), on observe une diminution progressive du nombre mensuel de signalements d’ICD reçus, surtout sensible à partir du second semestre 2007, le caractère classiquement saisonnier de ces infections restant perceptible (figure 2).

Figure 2 – Signalements d'infection à C. difficile par mois de signalement, France métropolitaine, janvier 2006 – juin 2009 (N=478)

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Données du laboratoire C. difficile associé au CNR Anaérobies

Le CNR a reçu 335 échantillons pour typage de souches de C. difficile prélevées entre le 1 er janvier et le 30 juin 2009. Pour 21 (6,27 %) échantillons, aucun typage n’a pu être réalisé du fait de l’absence de souche lors de la culture au CNR ou de l’identification d’une autre espèce bactérienne.

Le CNR a donc effectué le typage de 314 souches, soit une moyenne mensuelle de 52 souches sur la période étudiée.

Figure 3 – Signalements d’infections nosocomiale et caractérisation des souches de Clostridium difficile par le CNR, par trimestre, France métropolitaine, avril 2007 à décembre 2008

Ces souches provenaient de 115 ES différents implantés dans 19 des 22 régions de France métropolitaine. Parmi les 314 souches typées, 71 (22,6 %) appartenaient au clone épidémique 027.

Des souches appartenant au clone épidémique 027 ont été identifiées dans quatre régions françaises métropolitaines (Nord-Pas-de-Calais, Ile-de-France, Bretagne et Aquitaine). Au premier semestre 2009, la région la plus concernée restait le Nord-Pas de Calais avec 45 souches soit 63,4 % des 71 souches 027 transmises au CNR (tableau 1). Les souches isolées dans les trois autres régions n’étaient pas non plus liés à des épisodes de cas groupés de grande ampleur.

Le recueil des souches de C. difficile par les différents laboratoires experts n’est pas exhaustif car l’envoi des souches au CNR par les ES n’est recommandé que dans le cadre d’un signalement d’épisodes de cas groupés d’ampleur limitée ou d’une forme sévère d’ICD. Le nombre de souches reçues ne traduit donc pas seulement l’épidémiologie locale des ICD dans chaque région mais aussi leur degré de vigilance par rapport à cette infection.

La région Nord-Pas-de-Calais, où a démarré l’épidémie en 2006 et qui a été très fortement sensibilisée, reste toujours principalement concernée, tant en terme de nombre de souches transmises que de proportion de souches 027. La Bretagne se caractérise quant à elle par une forte proportion de souches 027 (presque 70 %), liée principalement au signalement d’une épidémie récente dans un seul ES ; cette proportion ne reflète donc pas l’épidémiologie des ICD dans tous les ES de cette région mais elle rend compte de la circulation locale de la souche 027, d’autant que certains cas étaient d’origine communautaire (carte 1).

Carte1 – Nombre de souches de C. difficile caractérisées par le CNR et proportion de souches 027 épidémiques, par région d’origine, France, Janvier 2009 à juin 2009 (N=314 )

Les régions hachurées n’ont transmis aucune souche au CNR durant la période étudiée.
Les étiquettes donnent la proportion (%) de souche 027 épidémique parmi les souches envoyées.

Comme pour le signalement, on observe une diminution progressive du nombre mensuel de souches de C. difficile transmises au CNR, surtout sensible à partir du second semestre 2007, le caractère classiquement saisonnier de ces infections restant perceptible (figure 4).

Figure 4 – Nombre de souches de C. difficile typées au CNR par type et mois de prélèvement, janvier 2006 - juin 2009 (N=2 183)

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Tendances trimestrielles – Données du signalement et du CNR

Souches 027

La confrontation des données du 1 er semestre 2009 à celles des années précédentes permet de confirmer la stabilisation depuis 2007 du nombre de signalement d’ICD reçus à l’InVS chaque trimestre et une légère diminution de l’envoi des souches au CNR. Sur cette période la proportion trimestrielle de souches 027 varie entre 7 % et 25 % sans tendance particulière.

Souches 078/126

D’après les données des laboratoires experts de Rouen, Nice et Paris, les souches appartenant au PCR-ribotype 078/126 représentaient 11,2 % des souches toxinogènes reçues lors du 1 er semestre 2009. L’évolution de ces souches depuis juillet 2006 est représentée sur la figure 5.

Figure 4 – Nombre de souches de C. difficile typées au CNR par type et mois de prélèvement, janvier 2006 - juin 2009 (N=2 183)

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Conclusion

L’actualisation de ces données confirme que l’épidémie d’ICD dans le Nord-Pas-de-Calais est contrôlée mais que la souche 027 a diffusé sur l’ensemble du territoire métropolitain. L’émergence de souches 078/126 reste par ailleurs limitée mais à surveiller. Les signalements et souches analysées pour ce bilan proviennent de la plupart des régions, ce qui suggère un maintien de la sensibilisation des ES en France métropolitaine. Globalement, les épisodes de cas groupés d’ICD nosocomiales signalés restent d’ampleur limitée en France, leur contrôle étant probablement liée à l’appropriation des recommandations de surveillance et de contrôle diffusées en 2006.

L’interprétation de ces données doit rester prudente compte tenu de l’absence d’exhaustivité ou de représentativité des données du signalement ou du CNR. L’étude ICD-Raisin (http://www.invs.sante.fr/icdraisin) en cours en 2009 sur la base d’un échantillon d’ES volontaires permettra prochainement de connaître l’incidence de ces infections en France, de caractériser les souches responsables d’infection et d’évaluer plus précisément leur diffusion sur le territoire.

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Références

1. Infections à Clostridium difficile de type 027, France, janvier 2006 à mars 2007, bilan au 4 avril 2007. Institut de veille sanitaire, 2007. http://www.invs.sante.fr/presse/2007/le_point_sur/clostridium_difficile_040407/index.html
2. Infections à Clostridium difficile de type 027, France, avril 2007à décembre 2008, bilan au 5 février 2009. Institut de veille sanitaire, 2009. http://www.invs.sante.fr/surveillance/icd/bilan_national_2008/index.htm
3. Réseau d’alerte, d’investigation et de surveillance des infections nosocomiales (Raisin). Conduite à tenir : diagnostic, investigation, surveillance, et principes de prévention et de maîtrise des infections à Clostridium difficile. Institut de veille sanitaire, 2006, 42 p. http://www.invs.sante.fr/publications/2006/guide_raisin/index.html
4. Ministère de la Santé et des Solidarités. Avis du CTINILS relatif à la maîtrise de la diffusion des infections à Clostridium difficile dans les établissements de santé français, adopté le 21/08/2006. http://nosobase.chu-lyon.fr/Actualites/annexeCTINILS.pdf
5. Haut Conseil de la santé publique. Avis relatif à la maîtrise de la diffusion des infections à Clostridium difficile dans les établissements de santé français, 20 juin 2008. http://www.hcsp.fr/hcspi/docspdf/avisrapports/hcspa20080620_Cdifficile.pdf
6. Clostridium difficile infection: new developments in epidemiology and pathogenesis. Rupnik M, Wilcox MH, Gerding DN. Nat Rev Microbiol 2009 1;7(7):526-36.
7. Emergence of Clostridium difficile infection due to a new hypervirulent strain, polymerase chain reaction ribotype 078.Goorhuis & al. Clin Infect Dis 2008 1;47(9):1162-70.

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