Infections à Clostridium difficile, avril 2007 à décembre 2008, France.
Bilan des données du signalement et du laboratoire C. difficile associé au CNR Bactéries anaérobies et botulisme

Sources : InVS-Raisin, laboratoire C. difficile associé au CNR Bactéries Anaérobies et Botulisme (Hôpital Saint-Antoine & Institut Pasteur, Paris), CClin et établissements de santé (12/01/2009)


La surveillance et le signalement des infections à C. difficile (ICD) ont fait l’objet de recommandations du réseau d’alerte, d’investigation et de surveillance des infections nosocomiales (Raisin) en mai 2006 [1]. Ces recommandations ont été reprises et complétées par le comité technique des infections nosocomiales et des infections liées aux soins (CTINILS) en septembre 2006 [2] et le Haut conseil de la santé publique en juin 2008 [3]

De mars 2006 à mars 2007, une souche particulière de Clostridium difficile (ICD) dite 027 avait été responsable de plusieurs cas groupés d’ICD, principalement dans le Nord-Pas de Calais où 41 établissements de santé (ES) avaient signalé un total de 515 cas d’ICD ; sur les 410 souches transmises au centre de référence, 266 (65%) appartenaient au clone épidémique de type 027 en provenance de 35 ES. Hors Nord-Pas de Calais, 118 établissements avaient signalé un total de 347 cas d’ICD ; sur 161 souches transmises au centre de référence, 11 (7%) appartenaient au clone épidémique de type 027. Ces souches 027 avaient été isolées dans 5 établissements de 3 départements (Somme, Rhône et Moselle) [4].

Après cette période d’alerte, les CClin, l’InVS et le laboratoire C. difficile associé au CNR Bactéries anaérobies et botulisme ont maintenu leur vigilance. Ce bilan présente les données épidémiologiques disponibles concernant les ICD en France à partir des données de l’InVS et du CNR actualisées depuis mars 2007.


Données du signalement des infections nosocomiales

D’avril 2007 à décembre 2008, 331 signalements d’ICD sont parvenus à l’InVS, soit une moyenne mensuelle de 16 signalements (Figure 1). L’évolution trimestrielle du nombre de signalements d’ICD reçus à l’InVS figure au Tableau 1 ci-après ; elle suggère une recrudescence hivernale des signalements d’ICD, mais l’interprétation des tendances séculaires reste difficile, ce d’autant que les données du 4ème trimestre 2008 sont incomplètes.

Figure 1 – Signalements d'infection à Clostridium difficile, par mois, France métropolitaine, avril 2007 à décembre 2008 (N=331)

Figure 1 – Signalements d'infection à Clostridium difficile, par mois, France métropolitaine, avril 2007 à décembre 2008 (N=331)

Ces 331 signalements totalisaient 747 cas d’ICD. Parmi les cas signalé, 86 (11,5%) correspondaient à des patients décédés à la date du signalement, sans que l’imputabilité du décès à l’infection ait pu être précisée à cette même date. Il s’agissait de cas groupés pour 125 (38%) signalements (minimum : 2, maximum : 33, médiane : 3).

Ces signalements émanaient de 176 ES de santé de 54 départements répartis dans la quasi-totalité (21/22) des régions de France métropolitaine. Le Nord-Pas-de-Calais figurait au premier rang de ces régions avec 64 signalements (19,3%) pour 100 cas (13,4%), devant l’Ile-de-France – 59 (17,8%) signalements pour 118 (15,8%) cas – et la région Rhône-Alpes – 33 (10,0%) signalements pour 81 (10,8%) cas.

Résultats de caractérisation des souches par le laboratoire associé au CNR Bactéries anaérobies et botulisme

Le laboratoire C. difficile associé au CNR et son réseau de laboratoires experts ont reçu 1 011 échantillons pour caractérisation des souches de CD issus de prélèvements effectués entre le 1er avril 2007 et le 16 décembre 2008. Pour 56 (5,6%) échantillons, aucun résultat n’a pu être rendu du fait de l’absence de souche lors de la culture au CNR ou de l’identification d’une autre espèce bactérienne.

Parmi les 955 souches caractérisées par le CNR, 151 (15,8%) appartenaient au clone épidémique 027.

Le CNR a effectué le PCR-ribotypage de 45 souches par mois en moyenne. L’évolution mensuelle ou trimestrielle de l’activité du CNR, globalement superposable à celle des signalements, suggère une recrudescence du nombre de souches reçues en période hivernale et une décroissance dans le temps de la proportion de souches épidémiques 027 (Tableau 1, Figure 2).

Tableau 1 – Signalements d’infections nosocomiale et caractérisation des souches de Clostridium difficile par le CNR, par trimestre, France métropolitaine, avril 2007 à décembre 2008

Tableau 1 – Signalements d’infections nosocomiale et caractérisation des souches de Clostridium difficile par le CNR, par trimestre, France métropolitaine, avril 2007 à décembre 2008

 

Figure 2 (bis) – Souches de C. difficile caractérisées par le CNR, par mois, France, avril 2007 à décembre 2008 (N=955)

Figure 2 (bis) – Souches de C. difficile caractérisées par le CNR, par mois, France, avril 2007 à décembre 2008 (N=955)

Ces 955 souches provenaient de laboratoires d’ES ou de ville implantés de 21 des 22 régions de France métropolitaine. La moitié des souches caractérisées pour des patients hospitalisés provenait du Nord-Pas-de-Calais (N=277, 29,2%) et de l’Ile-de-France (N=187, 19,7%). Les souches épidémiques 027 étaient essentiellement identifiées dans le Nord-Pas-de-Calais (N=121 soit 80,7% des souches épidémiques 027) et en Picardie (N=19, 12,7% des souches épidémiques 027) (Tableau 2, Figure 3).

Dans le Nord-Pas-de-Calais, les souches épidémiques 027 représentaient 41,5% des souches expertisées (N=65) au second semestre 2007, cette proportion restant de 30,0% pour le second semestre 2008 (N=50 souches expertisées).

Tableau 2 – Souches de Clostridium difficile caractérisées par le CNR, par région d’origine, France, avril 2007 à décembre 2008 (N=949)

Tableau 2 – Souches de Clostridium difficile caractérisées par le CNR, par région d’origine, France, avril 2007 à décembre 2008 (N=949)

 

Figure 3 – Souches de Clostridium difficile caractérisées par le CNR, par région d’origine, France, avril 2007 à décembre 2008 (N=949)

Figure 3 – Souches de Clostridium difficile caractérisées par le CNR, par région d’origine, France, avril 2007 à décembre 2008 (N=949)

Conclusion

D’avril 2007 à décembre 2008, les signalements d’infections nosocomiales en lien avec des ICD sont restés à un niveau soutenu (16 par mois en moyenne) et supérieur à celui de la période précédant la sensibilisation des ES en 2006. L’InVS n’avait alors reçu que 30 signalements d’ICD de 2001 à 2005.

Les épisodes de cas groupés signalés aujourd’hui sont toutefois d’ampleur beaucoup plus limitée (médiane de 3 cas par épisode) qu’en 2006. Par ailleurs, les envois de souches au CNR pour caractérisation restent à un niveau élevé. L’écart constaté entre le nombre de souches expertisées et le nombre de cas signalés s’explique notamment par le fait que ne doivent être signalés que les cas sévères et/ou les cas groupés.

Ces éléments rendent compte de l’appropriation des recommandations de signalement et de maîtrise des ICD en France, et du maintien de la vigilance de la part des établissements de santé. L’origine des signalements et des souches adressées au CNR montre par ailleurs que cette vigilance n’est pas limitée aux régions qui avaient été les plus concernées par l’émergence de la souche de PCR-ribotype 027 (Nord-Pas-de-Calais et Picardie).

Depuis avril 2007, la présence de la souche 027 a été confirmée dans 3 autres régions françaises (Haute-Normandie, Ile-de-France et Midi-Pyrénées ; il s’agissait pour cette dernière région d’un cas importé de l’étranger) sans qu’un lien puisse être établi avec les autres régions dans lesquelles la souche avait été précédemment identifiée. Aucune épidémie de grande ampleur n’a été observée dans ces trois nouvelles régions.

Ces données confirment que la diffusion de la souche 027 à d’autres régions françaises est possible et que les recommandations diffusées depuis 2006 semblent en limiter l’impact. Ces recommandations de diagnostic, de contrôle et de signalement précoces des ICD restent donc importantes à respecter à tous les niveaux : au sein des ES, EHPAD et maisons de retraite (diagnostic, contrôle et signalement précoce des ICD sévères ou épidémiques), au niveau régional (investigation de chaque signalement par les Ddass, CClin et Cire) et au niveau national (suivi des signalements d’ICD et des résultats de caractérisation des souches par l’InVS et le CNR).

L’étude ICD-Raisin 2009, qui débutera prochainement dans un échantillon d’établissements de santé volontaires, complétera ces données de signalement. Elle permettra de connaitre l’incidence des ICD en France, hors épidémies, et de réaliser une cartographie plus fine des différents types de souches (PCR-ribotype 027 ou autres) responsables d’infection.

 

Références

1. Réseau d’alerte, d’investigation et de surveillance des infections nosocomiales (Raisin). Conduite à tenir : diagnostic, investigation, surveillance, et principes de prévention et de maîtrise des infections à Clostridium difficile. Institut de veille sanitaire, 2006, 42 p.

2. Ministère de la Santé et des Solidarités. Avis du CTINILS relatif à la maîtrise de la diffusion des infections à Clostridium difficile dans les établissements de santé français, adopté le 21/08/2006.
Disponible sur : http://nosobase.chu-lyon.fr/Actualites/annexeCTINILS.pdf

3. Haut Conseil de la santé publique. Avis relatif à la maîtrise de la diffusion des infections à Clostridium difficile dans les établissements de santé français, 20 juin 2008.
Disponible sur : www.hcsp.fr/hcspi/docspdf/avisrapports/hcspa20080620_Cdifficile.pdf

4. Infections à Clostridium difficile de type 027, France, janvier 2006 à mars 2007, Bilan au 4 avril 2007.

 

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Mise en ligne le 5 février 2009
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